公务员医疗保险报销程序分为门诊和住院两种类别：(一)门诊：1、首先在个人当年账户中支付、个人当年账户资金不足支付部分，全额由个人现金支付，其中有历年账户支付，先从历年帐户开支。3、当现金支付(包括历年账户)累计支付达到1000元的门诊起付线以上部分，由公务员医疗补助经费和公务员个人按比例分担，公务员医疗补助经费支付80%，个人负担20%、当在起付线以上再自付500元时，以上部分回单位报销90%。(二)住院和规定病种门诊：1、起付标准以下的医疗费用，首先在个人历年帐户中支付，个人历年帐户资金不足支付部分，由公务员医疗补助经费和公务员个人按比例分担，在职人员由公务员医疗补助经费支付80%，个人负担20%休(退职)人员由公务员医疗补助经费支付85%，个人负担15%国前参加工作的老工人，由公务员医疗补助经费支付95%，个人负担5%。2、一个年度内，个人负担部分之和(包括住院起付标准)，超过部分由用人单位给予补助(全额)。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：(一)应当从工伤保险基金中支付的(二)应当由第三人负担的(三)应当由公共卫生负担的(四)在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
