律师分析：
1、依据不同：
城市排水许可证依据《城市排水许可管理办法》；排污许可证依据《排污许可证管理办法》。
2、排放要求不同：
仅对于城市纳管排水户来说，城市排水许可证对其水量、入网水质做了规定；排污许可证还增加了污染物总量控制的要求。
3、发证单位不同：
城市排水许可证由城建部门负责发放；排污许可证由环保部门负责发放。
【法律依据】：
《城市排水许可管理办法》
第五条 建设主管部门负责全国城市排水许可的监督管理。省、自治区建设主管部门负责本行政区域内城市排水许可的监督管理。直辖市、市、县负责城市排水管理的部门（以下简称排水管理部门）负责本行政区域内城市排水许可证书的颁发和管理。
第六条 在城市排水管网及其附属设施覆盖范围内，排水户应当按照城市排水规划等有关要求，将污水排入城市排水管网及其附属设施。
