党员档案和个人档案是不是在一起的需要视情况而定：
1、一般说来，组织关系放在哪里，党员档案就放在哪里。总而言之，党员档案是属于我们个人的档案。是我们人事档案的一部分，应当与人事档案放在一起。
2、如果有以下情况的可以特殊处理：
（1）各级机关、团体、企业事业单位干部职工的党员档案。由当地人事档案管理部门或单位人事部门统一纳入个人人事档案管理。
（2）未落实工作单位的大中专毕业生党员档案。当地人才交流服务中心可将其纳入人事档案统一管理。
3、也有个别党员因为想享受某些小福利（如党组织关系放在街道、村居，可享受年终时的小福利等等），故意不办理个人党组织关系的转接，也导致了两者分离。
正式党员档案包括：入党申请书、入党积极分子培养考察表、思想汇报、综合材料、党校学员总结表、政审材料、调查材料、公示结果材料、《入党志愿书》、自传、转正申请书。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国档案法》
第十二条
按照国家规定应当形成档案的机关、团体、企业事业单位和其他组织，应当建立档案工作责任制，依法健全档案管理制度。
第十三条
直接形成的对国家和社会具有保存价值的下列材料，应当纳入归档范围：
（一）反映机关、团体组织沿革和主要职能活动的；
（二）反映国有企业事业单位主要研发、建设、生产、经营和服务活动，以及维护国有企业事业单位权益和职工权益的；
（三）反映基层群众性自治组织城乡社区治理、服务活动的；
（四）反映历史上各时期国家治理活动、经济科技发展、社会历史面貌、文化习俗、生态环境的；
（五）法律、行规规定应当归档的。
非国有企业、社会服务机构等单位依照前款第二项所列范围保存本单位相关材料。
