1、优点：柱头残迹法适用于大量样本的鉴定，能够快速、准确地鉴定大量物种，此外柱头残迹的形态和结构相对稳定，不易受到环境因素的影响；而花药残迹法操作相对简便，对设备和条件的要求不高，方便快捷，并且花药残迹容易在植物的花朵中观察到，样本获取相对容易。
2、缺点：柱头残迹法虽然适用范围广，但该方法只能用于鉴定被子植物，无法鉴定裸子植物和蕨类植物等其他类群，此外，由于该方法主要依据形态学特征进行鉴定，因此对于形态相近或变异较大的物种存在鉴定难度；而花药残迹法操作虽然简单，但该方法的可靠性较低，因为花药残迹的形态和结构会受到多种因素的影响，如植物的生理状态、发育阶段和环境条件等，因此，该方法在鉴定物种时会存在一定的误差和不确定性。
