在企业转让全资子公司的过程中，涉及的所得税处理应遵循国家税务总局的相关规定。根据《北京市地方税务局转发国家税务总局关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》（京地税企[2004]196号），当企业清算注销或转让其全资子公司，以及持股比例达到95%以上的企业时，应按照《国家税务总局关于印发〈企业改组改制中若干所得税业务问题的暂行规定〉的通知》（国税发［1998］97号）的规定执行。
在转让过程中，投资方应当确认并获得被投资方累计未分配利润和累计盈余公积中应享有的部分，这部分应被视为股息性质的所得。为了防止对税后利润的重复征税，并确保企业改组活动的顺利进行，允许在计算投资方的股权转让所得时，从转让收入中扣除上述股息性质的所得。这样的处理有助于减少对企业改组活动的税收负担，促进经济结构的优化升级。
